โปรตีโอแบคทีเรีย
แบคทีเรียเป็นหลักประเภทของแบคทีเรียแกรมลบ ซึ่งรวมถึงสกุลที่ทำให้เกิดโรคได้หลากหลายเช่นEscherichia , Salmonella , Vibrio , Helicobacter , Yersinia , Legionellalesและอื่นๆ อีกมากมาย [10]อื่น ๆ มีอิสระในชีวิต (ไม่ใช่กาฝาก ) และรวมถึงจำนวนมากของเชื้อแบคทีเรียที่รับผิดชอบในการตรึงไนโตรเจน
| โปรตีโอแบคทีเรีย | |
|---|---|
 | |
| Escherichia coli | |
การจำแนกทางวิทยาศาสตร์  | |
| โดเมน: | แบคทีเรีย |
| ไฟลัม: | Proteobacteria Stackebrandt et al., 1988, [1] Garrity และคณะ พ.ศ. 2548 [2] |
| ชั้นเรียน | |
| Alphaproteobacteria [3] | |
Carl Woeseก่อตั้งกลุ่มนี้ขึ้นในปี 1987 โดยเรียกอย่างไม่เป็นทางการว่า "แบคทีเรียสีม่วงและญาติของพวกมัน" [11]เพราะความหลากหลายของรูปแบบที่พบในกลุ่มนี้ก็ถูกตั้งชื่อตามProteusเป็นเทพเจ้ากรีกของทะเลความสามารถในการสมมติว่ารูปทรงที่แตกต่างกันจำนวนมากและไม่ได้รับการตั้งชื่อตาม Proteobacteria สกุลProteus [1] [12]
ลักษณะเฉพาะ
ทั้งหมด "Proteobacteria" เป็นแกรมลบ (แม้ว่าบางคนอาจเปื้อนแบคทีเรียแกรมบวกหรือแกรมตัวแปรในทางปฏิบัติ) มีเยื่อหุ้มชั้นนอกประกอบด้วยส่วนใหญ่ของlipopolysaccharides ย้ายจำนวนมากเกี่ยวกับการใช้flagellaแต่บางคนมี nonmotile หรือพึ่งพาร่อนแบคทีเรีย หลังรวมถึงmyxobacteriaซึ่งเป็นลำดับของแบคทีเรียที่สามารถรวมตัวเพื่อสร้างร่างกายที่มีผลหลายเซลล์ นอกจากนี้ยังมีความหลากหลายของประเภทของการเผาผลาญที่มีอยู่ สมาชิกส่วนใหญ่เป็นแบบไม่ใช้ออกซิเจนแบบคณะหรือแบบบังคับ, chemolithoautotrophicและheterotrophicแต่มีข้อยกเว้นหลายประการเกิดขึ้น ความหลากหลายของจำพวกที่ไม่ได้เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับแต่ละอื่น ๆ พลังงานแปลงจากแสงผ่านการสังเคราะห์และการสังเคราะห์แสง anoxygenic
"Proteobacteria" เกี่ยวข้องกับความไม่สมดุลของจุลินทรีย์ในระบบสืบพันธุ์สตรีส่วนล่าง สายพันธุ์เหล่านี้เกี่ยวข้องกับการอักเสบ [13]
Alphaproteobacteriaบางชนิดสามารถเติบโตได้ในระดับสารอาหารที่ต่ำมาก และมีสัณฐานวิทยาที่ผิดปกติ เช่น ก้านและตา อื่นๆ ได้แก่ แบคทีเรียที่มีความสำคัญทางการเกษตรที่สามารถกระตุ้นการตรึงไนโตรเจนในการทำงานร่วมกันกับพืช คำสั่งประเภทเป็นCaulobacteralesประกอบด้วยแบคทีเรียก้านขึ้นรูปเช่นCaulobacter mitochondriaของยูคาริโอจะคิดว่าเป็นลูกหลานของ alphaproteobacterium [14]
Betaproteobacteriaเป็นอย่างสูงที่มีความหลากหลายและมีเมตาบอลิchemolithoautotrophs , photoautotrophsและ generalist heterotrophs คำสั่งประเภทเป็นBurkholderialesประกอบด้วยช่วงมหาศาลของความหลากหลายของการเผาผลาญรวมทั้งเชื้อโรคฉวยโอกาส
Gammaproteobacteriaเป็นชั้นที่ใหญ่ที่สุดในแง่ของสปีชีส์ที่มีชื่อการตีพิมพ์อย่างถูกต้อง คำสั่งประเภทเป็นPseudomonadalesซึ่งรวมถึงจำพวกPseudomonasและตรึงไนโตรเจนAzotobacter
Deltaproteobacteriaรวมถึงเชื้อแบคทีเรียที่มีการล่าแบคทีเรียอื่น ๆ และเป็นผู้ร่วมให้ความสำคัญกับด้านข้างแบบไม่ใช้ออกซิเจนของวงจรกำมะถัน ลำดับประเภทคือMyxococcalesซึ่งรวมถึงสิ่งมีชีวิตที่มีความสามารถในการจัดการตนเอง เช่นMyxococcus spp.
Epsilonproteobacteriaมักจะเรียวแกรมลบแท่งที่มีขดลวดหรือโค้ง ลำดับประเภทคือCampylobacteralesซึ่งรวมถึงเชื้อโรคในอาหารที่สำคัญเช่นCampylobacter spp.
Zetaproteobacteriaเป็นเหล็กออกซิไดซ์ neutrophilic chemolithoautotrophsกระจายทั่วโลกในบริเวณปากแม่น้ำและที่อยู่อาศัยทางทะเล คำสั่งประเภทเป็นMariprofundales
Hydrogenophilaliaมี thermophiles หนี้บุญคุณและรวมถึง heterotrophs และ autotrophs คำสั่งประเภทเป็นHydrogenophilales
Acidithiobacilliaประกอบด้วยกำมะถันเท่านั้นเหล็กและยูเรเนียมออกซิไดซิ่งautotrophs ลำดับประเภทคือAcidithiobacillalesซึ่งรวมถึงสิ่งมีชีวิตที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจที่ใช้ในอุตสาหกรรมเหมืองแร่ เช่นAcidithiobacillus spp.
Oligoflexiaมี aerobes ใย คำสั่งประเภทเป็นOligoflexalesซึ่งมีสกุลOligoflexus
อนุกรมวิธาน
| สายวิวัฒนาการของ "โปรตีโอแบคทีเรีย" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Phylogeny ของ "Proteobacteria" ตามต้นไม้มีชีวิต ARB, iTOL, Bergey's และอื่น ๆ Acidobacteria (เพื่อไม่ให้สับสนกับ Acidithiobacillia) ใช้เป็นกลุ่มนอกกลุ่ม |
กลุ่มถูกกำหนดเบื้องต้นในแง่ของลำดับไรโบโซม RNA (rRNA) "Proteobacteria" แบ่งออกเป็นเก้ากลุ่มที่มีชื่อที่ตีพิมพ์อย่างถูกต้อง อ้างถึงโดยตัวอักษรกรีก alpha ถึง zeta, Acidithiobacillia, Hydrogenophilalia และ Oligoflexia เหล่านี้ถูกมองว่าก่อนหน้านี้เป็นคลาสย่อยของไฟลัม แต่พวกเขาจะได้รับการรักษาในขณะนี้เป็นชั้นเรียน ชั้นเรียนเหล่านี้เป็นไฟย์เลติ [15] [16] [17]สกุลAcidithiobacillusส่วนหนึ่งของ Gammaproteobacteria จนกว่ามันจะถูกโอนไปยังระดับ Acidithiobacillia ในปี 2013 [18]ได้รับการยกย่องก่อนหน้านี้เป็นparaphyleticไปBetaproteobacteriaตามการศึกษาการจัดตำแหน่ง multigenome [19]ในปี 2560 Betaproteobacteriaอยู่ภายใต้การแก้ไขครั้งใหญ่ และคลาสHydrogenophilaliaถูกสร้างขึ้นเพื่อให้มีคำสั่งHydrogenophilales [20]
คลาสโปรตีโอแบคทีเรียที่มีชื่อเผยแพร่อย่างถูกต้อง ได้แก่ สกุลที่โดดเด่นบางส่วน: [21]เช่น:
- Alphaproteobacteria : Brucella , Rhizobium , Agrobacterium , Caulobacter , Rickettsia , Wolbachiaเป็นต้น
- Betaproteobacteria : Bordetella , Ralstonia , Neisseria , Nitrosomonasเป็นต้น
- Gammaproteobacteria : Escherichia , Shigella , Salmonella , Yersinia , Buchnera , Haemophilus , Vibrio , Pseudomonasเป็นต้น
- Deltaproteobacteria : Desulfovibrio , Geobacter , Bdellovibrioเป็นต้น
- Epsilonproteobacteria : Helicobacter , Campylobacter , Wolinellaเป็นต้น
- Zetaproteobacteria : Mariprofundus , Ghiorsea
- Oligoflexia: Oligoflexus.
- Acidithiobacillia: Acidithiobacillus thiooxidans, Thermithiobacillus tepidarius
- Hydrogenophilalia: Hydrogenophilus thermoluteolus, Tepidiphilus margaritifer
การเปลี่ยนแปลง
Transformation, a process in which genetic material passes from one bacterium to another,[22] has been reported in at least 30 species of "Proteobacteria" distributed in the classes alpha, beta, gamma and epsilon.[23] The best-studied "Proteobacteria" with respect to natural genetic transformation are the medically important human pathogens Neisseria gonorrhoeae (class beta), Haemophilus influenzae (class gamma) and Helicobacter pylori (class epsilon).[24] Natural genetic transformation is a sexual process involving DNA transfer from one bacterial cell to another through the intervening medium and the integration of the donor sequence into the recipient genome. In pathogenic "Proteobacteria", transformation appears to serve as a DNA repair process that protects the pathogen's DNA from attack by their host's phagocytic defenses that employ oxidative free radicals.[24]
อ้างอิง
- ^ a b Stackebrandt, E.; Murray, R. G. E.; Truper, H. G. (1988). "Proteobacteria classis nov., a Name for the Phylogenetic Taxon That Includes the "Purple Bacteria and Their Relatives"". International Journal of Systematic Bacteriology. 38 (3): 321–325. doi:10.1099/00207713-38-3-321.
- ^ Garrity, G. M., Bell, J. A. & Lilburn, T. (2005). Phylum XIV. Proteobacteria phyl. nov. In: Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 2nd edn, vol. 2 (The Proteobacteria), part B (The Gammaproteobacteria), p. 1. Edited by D. J. Brenner, N. R. Krieg, J. T. Staley & G. M. Garrity. New York: Springer.
- ^ Garrity GM, Bell JA, Lilburn T (2005). "Class I. Alphaproteobacteria class. nov.". In Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 2: The Proteobacteria Part C (The Alpha-, Beta-, Delta- and Epsilonproteobacteria (2nd ed.). Springer. p. 1. doi:10.1002/9781118960608.cbm00041. ISBN 9781118960608.
- ^ a b Boden R, Hutt LP, Rae AW (2017). "Reclassification of Thiobacillus aquaesulis (Wood & Kelly, 1995) as Annwoodia aquaesulis gen. nov., comb. nov., transfer of Thiobacillus (Beijerinck, 1904) from the Hydrogenophilales to the Nitrosomonadales, proposal of Hydrogenophilalia class. nov. within the "Proteobacteria", and four new families within the orders Nitrosomonadales and Rhodocyclales". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 67 (5): 1191–1205. doi:10.1099/ijsem.0.001927. hdl:10026.1/8740. PMID 28581923.
- ^ a b Williams KP, Kelly DP (2013). "Proposal for a new class within the phylum Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., with the type order Acidithiobacillales, and emended description of the class Gammaproteobacteria". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 63 (Pt 8): 2901–2906. doi:10.1099/ijs.0.049270-0. PMID 23334881. S2CID 39777860.
- ^ Kuever J, Rainey FA, Widdel F (2005). "Class IV. Deltaproteobacteria class. nov.". In Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 2: The Proteobacteria Part C (The Alpha-, Beta-, Delta- and Epsilonproteobacteria (2nd ed.). Springer. p. 922. doi:10.1002/9781118960608.cbm00043. ISBN 9781118960608.
- ^ Garrity GM, Bell JA, Lilburn T (2005). "Class V. Epsilonproteobacteria class. nov.". In Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 2: The Proteobacteria Part C (The Alpha-, Beta-, Delta- and Epsilonproteobacteria (2nd ed.). Springer. p. 1145. doi:10.1002/9781118960608.cbm00044. ISBN 9781118960608.
- ^ Emerson, D.; Rentz, J. A.; Lilburn, T. G.; Davis, R. E.; Aldrich, H.; Chan, C.; Moyer, C. L. (2007). Reysenbach, Anna-Louise (ed.). "A Novel Lineage of Proteobacteria Involved in Formation of Marine Fe-Oxidizing Microbial Mat Communities". PLOS ONE. 2 (8): e667. Bibcode:2007PLoSO...2..667E. doi:10.1371/journal.pone.0000667. PMC 1930151. PMID 17668050.
- ^ Nakai R, Nishijima M, Tazato N, Handa Y, Karray F, Sayadi S, Isoda H, Naganuma T (2014). "Oligoflexus tunisiensis gen. nov., sp. nov., a Gram-negative, aerobic, filamentous bacterium of a novel proteobacterial lineage, and description of Oligoflexaceae fam. nov., Oligoflexales ord. nov. and Oligoflexia classis nov". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 64 (Pt 10): 3353–3359. doi:10.1099/ijs.0.060798-0. PMC 4179278. PMID 25013226.CS1 maint: uses authors parameter (link)
- ^ Madigan, M. and J. Martinko. (eds.) (2005). Brock Biology of Microorganisms (11th ed.). Prentice Hall. ISBN 978-0-13-144329-7.CS1 maint: extra text: authors list (link)
- ^ Woese, CR (1987). "Bacterial evolution". Microbiological Reviews. 51 (2): 221–71. doi:10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. PMC 373105. PMID 2439888.
- ^ "Proteobacteria". Discover Life: Tree of Life. Retrieved 2007-02-09.
- ^ Bennett, John (2015). Mandell, Douglas, and Bennett's principles and practice of infectious diseases. Philadelphia, PA: Elsevier/Saunders. ISBN 9781455748013; Access provided by the University of PittsburghCS1 maint: postscript (link)
- ^ Roger AJ, Muñoz-Gómez SA, Kamikawa R (2017). "The origin and diversification of mitochondria". Current Biology. 27 (21): R1177–R1192. doi:10.1016/j.cub.2017.09.015. PMID 29112874.CS1 maint: uses authors parameter (link)
- ^ Noel R. Krieg; Don J. Brenner; James T. Staley (2005). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology: The Proteobacteria. Springer. ISBN 978-0-387-95040-2.
- ^ Ciccarelli, FD; Doerks, T; Von Mering, C; Creevey, CJ; Snel, B; Bork, P (2006). "Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life". Science. 311 (5765): 1283–7. Bibcode:2006Sci...311.1283C. CiteSeerX 10.1.1.381.9514. doi:10.1126/science.1123061. PMID 16513982. S2CID 1615592.
- ^ Yarza, P; Ludwig, W; Euzéby, J; Amann, R; Schleifer, KH; Glöckner, FO; Rosselló-Móra, R (2010). "Update of the All-Species Living Tree Project based on 16S and 23S rRNA sequence analyses". Systematic and Applied Microbiology. 33 (6): 291–9. doi:10.1016/j.syapm.2010.08.001. PMID 20817437..
- ^ Williams, KP; Kelly, DP (2013). "Proposal for a new class within the phylum Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., with the type order Acidithiobacillales, and emended description of the class Gammaproteobacteria". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 63 (Pt 8): 2901–6. doi:10.1099/ijs.0.049270-0. PMID 23334881. S2CID 39777860.
- ^ Williams, K. P.; Gillespie, J. J.; Sobral, B. W. S.; Nordberg, E. K.; Snyder, E. E.; Shallom, J. M.; Dickerman, A. W. (2010). "Phylogeny of Gammaproteobacteria". Journal of Bacteriology. 192 (9): 2305–14. doi:10.1128/JB.01480-09. PMC 2863478. PMID 20207755.
- ^ Boden, R.; Hutt, L. P.; Rae, A. W. (2017). "Reclassification of Thiobacillus aquaesulis (Wood & Kelly, 1995) as Annwoodia aquaesulis gen. nov., comb. nov., transfer of Thiobacillus (Beijerinck, 1904) from the Hydrogenophilales to the Nitrosomonadales, proposal of Hydrogenophilalia class. nov. within the Proteobacteria, and four new families within the orders Nitrosomonadales and Rhodocyclales". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 67 (5): 1191–1205. doi:10.1099/ijsem.0.001927. hdl:10026.1/8740. PMID 28581923.
- ^ Interactive Tree of Life
- ^ Johnston C, Martin B, Fichant G, Polard P, Claverys JP (2014). "Bacterial transformation: distribution, shared mechanisms and divergent control". Nat. Rev. Microbiol. 12 (3): 181–96. doi:10.1038/nrmicro3199. PMID 24509783. S2CID 23559881.
- ^ Johnsborg O, Eldholm V, Håvarstein LS (2007). "Natural genetic transformation: prevalence, mechanisms and function". Res. Microbiol. 158 (10): 767–78. doi:10.1016/j.resmic.2007.09.004. PMID 17997281.
- ^ a b Michod RE, Bernstein H, Nedelcu AM (2008). "Adaptive value of sex in microbial pathogens". Infect. Genet. Evol. 8 (3): 267–85. doi:10.1016/j.meegid.2008.01.002. PMID 18295550.
ลิงค์ภายนอก
- Proteobacteria information from Palaeos. Archived 2010-05-23 at the Wayback Machine
- Proteobacteria. – J. P. Euzéby: List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature.