เอนเทรซ

Entrez (เด่นชัดɒntreɪ ^[1] ) ทั่วโลกแบบสอบถามข้ามค้นหาฐานข้อมูลระบบคือการค้นหาแบบ federatedเครื่องยนต์หรือเว็บพอร์ทัลที่ช่วยให้ผู้ใช้สามารถค้นหาต่อเนื่องหลายวิทยาศาสตร์สุขภาพฐานข้อมูลที่ศูนย์แห่งชาติสำหรับข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ (NCBI) เว็บไซต์ ^[2] NCBI เป็นส่วนหนึ่งของหอสมุดแห่งชาติการแพทย์ (NLM) ซึ่งเป็นหน่วยงานของสถาบันสุขภาพแห่งชาติ (NIH) ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของกระทรวงสาธารณสุขและบริการมนุษย์ของสหรัฐอเมริกา. ชื่อ "Entrez" (คำทักทายที่มีความหมายว่า "เข้ามา" ในภาษาฝรั่งเศส) ได้รับเลือกให้สะท้อนถึงจิตวิญญาณของการต้อนรับประชาชนในการค้นหาเนื้อหาจาก NLM

โลโก้ Entrez

Entrez Global Query เป็นระบบค้นหาและดึงข้อมูลแบบบูรณาการที่ให้การเข้าถึงฐานข้อมูลทั้งหมดพร้อมกันด้วยสตริงการสืบค้นเดียวและส่วนต่อประสานกับผู้ใช้ Entrez ได้อย่างมีประสิทธิภาพสามารถดึงข้อมูลที่เกี่ยวข้องลำดับ , โครงสร้างและการอ้างอิง ระบบ Entrez สามารถให้มุมมองของลำดับยีนและโปรตีนและแผนที่โครโมโซม หนังสือเรียนบางเล่มมีให้บริการทางออนไลน์ผ่านระบบ Entrez

คุณสมบัติ

หน้าแรกของ Entrez ให้การเข้าถึงแบบสอบถามส่วนกลางโดยค่าเริ่มต้น ฐานข้อมูลทั้งหมดที่จัดทำดัชนีโดย Entrez สามารถค้นหาผ่านสตริงการสืบค้นเดียวโดยสนับสนุนตัวดำเนินการบูลีนและแท็กข้อความค้นหาเพื่อ จำกัด บางส่วนของคำสั่งการค้นหาเฉพาะเขตข้อมูล สิ่งนี้จะส่งคืนหน้าผลลัพธ์ที่เป็นหนึ่งเดียวซึ่งจะแสดงจำนวน Hit สำหรับการค้นหาในแต่ละฐานข้อมูลซึ่งเป็นลิงก์ไปยังผลการค้นหาจริงสำหรับฐานข้อมูลนั้นด้วย

Entrez ยังมีอินเทอร์เฟซที่คล้ายกันสำหรับการค้นหาแต่ละฐานข้อมูลและสำหรับการปรับแต่งผลการค้นหา คุณลักษณะขีด จำกัด ช่วยให้ผู้ใช้สามารถ จำกัด การค้นหาอินเทอร์เฟซของเว็บฟอร์ม คุณลักษณะประวัติให้รายการแบบสอบถามที่ดำเนินการล่าสุดเป็นตัวเลข ผลลัพธ์ของการสืบค้นก่อนหน้านี้สามารถอ้างอิงได้ตามจำนวนและรวมกันผ่านตัวดำเนินการบูลีน ผลการค้นหาสามารถบันทึกไว้ชั่วคราวในคลิปบอร์ด ผู้ใช้ที่มีบัญชี MyNCBI สามารถบันทึกข้อความค้นหาได้อย่างไม่มีกำหนดและยังเลือกที่จะอัปเดตผลการค้นหาใหม่ทางอีเมลสำหรับข้อความค้นหาที่บันทึกไว้ของฐานข้อมูลส่วนใหญ่ มีการใช้กันอย่างแพร่หลายในด้านเทคโนโลยีชีวภาพเป็นเครื่องมืออ้างอิงสำหรับนักเรียนและผู้เชี่ยวชาญ

ฐานข้อมูล

Entrez ค้นหาฐานข้อมูลต่อไปนี้:

PubMed : การอ้างอิงวรรณกรรมชีวการแพทย์และบทคัดย่อรวมถึงMedline - บทความจากวารสาร (ส่วนใหญ่ทางการแพทย์ ) ซึ่งมักรวมถึงบทคัดย่อ ลิงก์ไปยัง PubMed Central และแหล่งข้อมูลแบบเต็มอื่น ๆ มีไว้สำหรับบทความจากปี 1990
PubMed Central : บทความวารสารฉบับเต็มฟรี
การค้นหาไซต์: เว็บ NCBI และเว็บไซต์ FTP
หนังสือ: หนังสือออนไลน์
มรดก Mendelian ออนไลน์ในมนุษย์ (OMIM)
นิวคลีโอไทด์ : ฐานข้อมูลลำดับ ( GenBank )
โปรตีน : ฐานข้อมูลลำดับ
จีโนม : ลำดับจีโนมทั้งหมดและการทำแผนที่
โครงสร้าง : โครงสร้างโมเลกุลขนาดใหญ่สามมิติ
อนุกรมวิธาน : สิ่งมีชีวิตใน GenBank Taxonomy
dbSNP : ความหลากหลายของนิวคลีโอไทด์เดี่ยว
ยีน :^[3]ข้อมูลที่มียีนเป็นศูนย์กลาง
HomoloGene : กลุ่ม homology ยูคาริโอต
PubChem Compound: โครงสร้างทางเคมีโมเลกุลขนาดเล็กที่เป็นเอกลักษณ์
PubChem Substance: เก็บบันทึกสารเคมี
โครงการจีโนม : ข้อมูลโครงการจีโนม
UniGene : กลุ่มที่มุ่งเน้นยีนของลำดับการถอดเสียง
CDD : ฐานข้อมูลโดเมนโปรตีนที่สงวนไว้
PopSet : ชุดข้อมูลการศึกษาประชากร ( ระบาดวิทยา )
โปรไฟล์ GEO : การแสดงออกและโปรไฟล์ความอุดมสมบูรณ์ของโมเลกุล
GEO DataSets : ชุดข้อมูล GEOทดลอง
ลำดับการอ่านที่เก็บถาวร : ข้อมูลลำดับการรับส่งข้อมูลสูง
โครโมโซมมะเร็ง : ฐานข้อมูลเซลล์สืบพันธุ์
PubChem BioAssay : หน้าจอการทำงานทางชีวภาพของสารเคมี
โพรบ : รีเอเจนต์เฉพาะลำดับ
NLM Catalog : ข้อมูลบรรณานุกรม NLM สำหรับวารสารหนังสือภาพและเสียงซอฟต์แวร์คอมพิวเตอร์ทรัพยากรอิเล็กทรอนิกส์และวัสดุอื่น ๆ ที่อยู่ใน LocatorPlus กว่า 1.2 ล้านรายการ (อัปเดตทุกวันทำการ)

เข้าไป

นอกเหนือจากการใช้แบบฟอร์มเครื่องมือค้นหาเพื่อสืบค้นข้อมูลใน Entrez แล้วNCBIยังมี Entrez Programming Utilities ^[4] (eUtils) เพื่อให้สามารถเข้าถึงผลลัพธ์การสืบค้นได้โดยตรงมากขึ้น eUtils สามารถเข้าถึงได้โดยการโพสต์ URL ที่สร้างขึ้นเป็นพิเศษไปยังเซิร์ฟเวอร์ NCBI และแยกวิเคราะห์การตอบสนอง XML นอกจากนี้ยังมี eUtils SOAPอินเตอร์เฟซที่ถูกยกเลิกกรกฏาคม 2015 ^[5]

ประวัติศาสตร์

ในปี 1991 Entrez ได้รับการแนะนำในรูปแบบซีดี ในปี 1993 ซอฟต์แวร์เวอร์ชันไคลเอนต์เซิร์ฟเวอร์ให้การเชื่อมต่อกับอินเทอร์เน็ต ในปี 1994 NCBI ได้ก่อตั้งเว็บไซต์และ Entrez เป็นส่วนหนึ่งของการเปิดตัวครั้งแรกนี้ ในปี 2544 ชั้นวางหนังสือ Entrez ได้รับการเผยแพร่และในปี 2546 ฐานข้อมูล Entrez Gene ได้รับการพัฒนา ^[6]

อ้างอิง

^ "ความหมายของ 'Entrez ' " พจนานุกรมคอลลินส์ [อินเทอร์เน็ต] .
^ ผู้ประสานงานทรัพยากร NCBI (2012) “ ทรัพยากรฐานข้อมูลของศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ” . การวิจัยกรดนิวคลีอิก . 41 (ปัญหาฐานข้อมูล): D8 – D20 ดอย : 10.1093 / nar / gks1189 . PMC 3531099 PMID 23193264
^ "บ้าน - ยีน - NCBI" .
^ "เอนเทรซยูทิลิตี้" .
^ "E-ยูทิลิตี้บริการเว็บ (SOAP)"
^ สมิ ธ เคนท์ "บทสรุปประวัติความเป็นมาของการก่อตัวของ NCBI และการเจริญเติบโต" คู่มือ NCBI [อินเทอร์เน็ต] พิมพ์ครั้งที่ 2 . สืบค้นเมื่อ3 พฤษภาคม 2557 .

ลิงก์ภายนอก

แบบฟอร์มเครื่องมือค้นหา Entrez
ความช่วยเหลือของ Entrez

[1] "ความหมายของ 'Entrez ' " พจนานุกรมคอลลินส์ [อินเทอร์เน็ต] .

[2] ผู้ประสานงานทรัพยากร NCBI (2012) “ ทรัพยากรฐานข้อมูลของศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ” . การวิจัยกรดนิวคลีอิก . 41 (ปัญหาฐานข้อมูล): D8 – D20 ดอย : 10.1093 / nar / gks1189 . PMC 3531099 PMID 23193264

[3] "บ้าน - ยีน - NCBI" .

[4] "เอนเทรซยูทิลิตี้" .

[5] "E-ยูทิลิตี้บริการเว็บ (SOAP)"

[6] สมิ ธ เคนท์ "บทสรุปประวัติความเป็นมาของการก่อตัวของ NCBI และการเจริญเติบโต" คู่มือ NCBI [อินเทอร์เน็ต] พิมพ์ครั้งที่ 2 . สืบค้นเมื่อ3 พฤษภาคม 2557 .

[1]