ChEBI
หน่วยงานทางเคมีของความสนใจทางชีวภาพยังเป็นที่รู้จักChEBI , [1] [2]เป็นฐานข้อมูลสารเคมีและอภิปรัชญาของหน่วยงานในระดับโมเลกุลมุ่งเน้นไปที่สารเคมี 'เล็ก' ที่เป็นส่วนหนึ่งของการเปิดชีวการแพทย์จีพยายาม (OBO) ที่ชีวสารสนเทศศาสตร์ยุโรป สถาบัน (EBI). คำว่า "นิติบุคคลโมเลกุล" หมายถึง "ความลับหรือ isotopically ที่แตกต่างกันอะตอม , โมเลกุล , ไอออน , คู่ไอออน , รุนแรง , ไอออนรุนแรง , ซับซ้อน , conformerฯลฯ สามารถระบุตัวตนเป็นนิติบุคคลแยกความแตกต่าง". [3]หน่วยงานที่โมเลกุลในคำถามเป็นผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติหรือผลิตภัณฑ์สังเคราะห์อย่างใดอย่างหนึ่งที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีศักยภาพ. โมเลกุลเข้ารหัสโดยตรงจากจีโนมเช่นกรดนิวคลีอิก , โปรตีนและเปปไทด์ที่ได้มาจาก โปรตีนจากความแตกแยกของโปรตีโอไลติกไม่ได้รวมอยู่ใน ChEBI ตามกฎ
 | |
|---|---|
| เนื้อหา | |
| คำอธิบาย | ฐานข้อมูลเคมี |
| ประเภทข้อมูลที่ บันทึก | สารประกอบทางเคมีขนาดเล็ก |
| ติดต่อ | |
| ศูนย์วิจัย | ห้องปฏิบัติการชีววิทยาโมเลกุลของยุโรป  |
| ห้องปฏิบัติการ | สถาบันชีวสารสนเทศศาสตร์แห่งยุโรป  |
| การอ้างอิงหลัก | de Matos และคณะ[1] |
| เข้าไป | |
| เว็บไซต์ | www. |
| ดาวน์โหลด URL | ftp .ebi .ac .uk / pub / databases / chebi |
| URL บริการเว็บ | www. ebi .ac .uk / chebi / webServices .do |
| จุดสิ้นสุดSparql | BIO2RDF |
| เครื่องมือ | |
| เว็บ | www. ebi .ac .uk / chebi |
| เบ็ดเตล็ด | |
ความถี่ในการเผยแพร่ข้อมูล | รายเดือน |
| นโยบายการดูแลจัดการ | ดูแลจัดการด้วยตนเอง |
ChEBI ใช้ระบบการตั้งชื่อสัญลักษณ์และคำศัพท์ที่รับรองโดยInternational Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) และคณะกรรมการระบบการตั้งชื่อของสหภาพชีวเคมีและอณูชีววิทยาระหว่างประเทศ (NC-IUBMB)
ขอบเขตและการเข้าถึง
ข้อมูลทั้งหมดในฐานข้อมูลไม่เป็นกรรมสิทธิ์หรือได้มาจากแหล่งที่ไม่เป็นกรรมสิทธิ์ จึงสามารถเข้าถึงได้อย่างอิสระและทุกคนสามารถเข้าถึงได้ นอกจากนี้รายการข้อมูลแต่ละรายการสามารถตรวจสอบย้อนกลับได้อย่างสมบูรณ์และอ้างอิงอย่างชัดเจนไปยังแหล่งที่มาดั้งเดิม มันเป็นเรื่องที่เกี่ยวข้องอยู่ในขอบเขตฐานข้อมูลอื่น ๆ เช่นChEMBL , เคมสไปเดอร์ , ดรักแบงก์ , MetaboLightsและPubChem
ข้อมูล ChEBI สามารถใช้ได้ผ่านสาธารณะโปรแกรมประยุกต์บนเว็บ , บริการเว็บ , SPARQLปลายทางและการดาวน์โหลด [1] [2]
อ้างอิง
- ^ a b c de Matos P, Alcántara R, Dekker A, Ennis M, Hastings J, Haug K, Spiteri I, Turner S, Steinbeck C (2010) "หน่วยงานทางเคมีของความสนใจทางชีวภาพ: การปรับปรุง" การวิจัยกรดนิวคลีอิก . 38 (ปัญหาฐานข้อมูล): D249-54 ดอย : 10.1093 / nar / gkp886 . PMC 2808869 PMID 19854951
- ^ ก ข Degtyarenko K, de Matos P, Ennis M, Hastings J, Zbinden M, McNaught A, Alcántara R, Darsow M, Guedj M, Ashburner M (2008) "ChEBI: ฐานข้อมูลและอภิปรัชญาสำหรับสารเคมีที่น่าสนใจทางชีวภาพ" การวิจัยกรดนิวคลีอิก . 36 (ปัญหาฐานข้อมูล): D344-50 ดอย : 10.1093 / nar / gkm791 . PMC 2238832 . PMID 17932057
- ^ IUPAC ,บทสรุปของคำศัพท์ทางเคมี , 2nd ed. ("หนังสือทองคำ") (2540). เวอร์ชันแก้ไขออนไลน์: (2549–) "เอนทิตีโมเลกุล " ดอย : 10.1351 / goldbook.M03986